มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้เริ่มดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ ๗ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๒ โดยกองวิชาการ สำนักงานอธิการบดีร่วมกับคณะกรรมการจัดการประชุมเสวนาแนวทางการพัฒนาระบบประกันคุณภาพการศึกษา ได้จัดให้มีการประชุมเสวนาการประกันคุณภาพการศึกษา เพื่อประชาสัมพันธ์ สร้างความเข้าใจและชี้แจงถึงความจำเป็นของการประกันคุณภาพการศึกษาตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พุทธศักราช ๒๕๔๒ มีผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยทั้งส่วนกลางและวิทยาเขตเข้าร่วมประชุม โดยอธิการบดีเป็นประธาน นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยยังได้เชิญผู้เชี่ยวชาญและผู้ทรงคุณวุฒิด้านการประกันคุณภาพการศึกษาทั้งภายในและภายนอกมาให้คำปรึกษา ให้ข้อเสนอแนะและแนวทางการพัฒนาระบบประกันคุณภาพการศึกษา

          การดำเนินการด้านการประกันคุณภาพการศึกษา ได้ดำเนินการตามระบบประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ (ทอมก) ซึ่งที่ประชุมเห็นร่วมกันว่าควรดำเนินการให้เป็นไปตามระบบ ซึ่งเหมาะสมกับธรรมชาติของมหาวิทยาลัยแต่ละแห่ง เวลานั้นเป็นช่วงที่สำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) กำลังดำเนินการปรับเกณฑ์มาตรฐานตามองค์ประกอบต่างๆ ของระบบประกันคุณภาพให้เหมาะสมกับการจัดการศึกษาของไทย

         ระยะที่หนึ่ง คณะกรรมการอำนวยการการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัย ได้มีมติเห็นชอบให้ดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยตามระบบ IPOI คือ ปัจจัยนำเข้า (Input) ปัจจัยกระบวนการ (Process) ปัจจัยผลผลิต (Output) และปัจจัยผลกระทบ (Impact) ประกอบด้วย ๑๒ ปัจจัย ๕๒ เกณฑ์ และ ๕๙ ตัวชี้วัด เกณฑ์เหล่านี้ใช้ประเมินคุณภาพภายใน ครั้งที่ ๑ (๒๕๔๔-๒๕๔๖) ใช้ระบบให้คะแนนเป็น  ๓  A (Awareness Attempt and Achievement)

          ระยะที่สอง การดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัย ก็ยังใช้ระบบเดิมทุกประการ คือระบบ IPOI คือ ปัจจัยนำเข้า (Input) ปัจจัยกระบวนการ (Process) ปัจจัยผลผลิต (Output) และปัจจัยผลกระทบ (Impact) โดยคณะกรรมการอำนวยการได้ปรับปรุงและพัฒนาการประกันคุณภาพการศึกษามาเป็น ๑๕ ปัจจัย ๕๘ ตัวชี้วัด เกณฑ์เหล่านี้ใช้ประเมินคุณภาพภายใน ครั้งที่ ๒ (๒๕๔๗-๒๕๔๘) ใช้ระบบให้คะแนนเต็ม ๕ คะแนน ระยะนี้เองที่สำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) เข้ามาประเมินคุณภาพการศึกษาภายนอกมหาวิทยาลัย ในรอบที่ ๑ (๘ มีนาคม ๒๕๔๘)

         ระยะที่สาม หลังจากที่สำนักงานงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษาเข้ามาประเมินคุณภาพภายนอกและรายงานผลการประเมินแล้ว คณะกรรมการดำเนินการการประกันคุณภาพการศึกษา ได้ปรับระบบการประกันคุณภาพการศึกษาของมหาวิทยาลัยใหม่ เพื่อให้สะดวกต่อการดำเนินงานของทุกภาคส่วนของมหาวิทยาลัย โดยปรับจากปัจจัยเป็นมาตรฐานตาม สมศ. ประกอบด้วย ๗ มาตรฐาน ผสมผสานจากปัจจัยทั้งหมดเข้ามาอยู่ตามมาตรฐานนั้นๆ ระบบนี้ครอบคลุมการดำเนินการของส่วนงานที่จัดการศึกษาและส่วนงานที่สนับสนุนการศึกษาตามพันธกิจของมหาวิทยาลัยทุกประการ ดังนี้

•  มาตรฐานที่  ๑ ด้านคุณภาพบัณฑิต
• มาตรฐานที่  ๒ ด้านงานวิจัยและงานสร้างสรรค์
• มาตรฐานที่  ๓ ด้านการบริการวิชาการและการเผยแผ่พระพุทธศาสนา
• มาตรฐานที่  ๔ ด้านการทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม
• มาตรฐานที่  ๕ ด้านการพัฒนาสถาบันและบุคลากร
• มาตรฐานที่  ๖ ด้านหลักสูตรและการเรียนการสอน
• มาตรฐานที่  ๗ ด้านการประกันคุณภาพ

         คณะกรรมการดำเนินการการประกันคุณภาพการศึกษา ได้ดำเนินการตรวจสอบและประเมินคุณภาพการศึกษาภายใน ครั้งที่ ๓ (๒๕๔๙-๒๕๕๐) โดยใช้ระบบ ๗ มาตรฐาน ตามเกณฑ์การประเมินของ สมศ. เพื่อเตรียมรับการประเมินคุณภาพภายนอก ข้อมูลที่ได้จากการประเมินคุณภาพภายในครั้งนี้ มหาวิทยาลัยใช้เป็นข้อมูลสำหรับการประเมินคุณภาพภายนอกของ สมศ.ในรอบที่ ๒ (๒๓-๒๕ มกราคม ๒๕๕๑)

         ระยะที่สี่ หลังจากที่มหาวิทยาลัยผ่านการประเมินคุณภาพภายนอกในรอบที่สองแล้ว จึงได้ดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาภายในระดับอุดมศึกษาของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา โดยคณะกรรมการดำเนินการการประกันคุณภาพการศึกษา ได้ปรับระบบการประกันคุณภาพการศึกษา ของมหาวิทยาลัยเป็น ๙ องค์ประกอบ ๕๖ ตัวบ่งชี้ ใช้ระบบให้คะแนนเต็ม ๓ คะแนน มหาวิทยาลัยดำเนินการการประกันคุณภาพการศึกษาด้วยระบบนี้ในปีการศึกษา ๒๕๕๐ – ๒๕๕๒ ดังนี้

• องค์ประกอบที่ ๑ ปรัชญา ปณิธาน วัตถุประสงค์และแผนการดำเนินการ
• องค์ประกอบที่ ๒ การเรียนการสอน
• องค์ประกอบที่ ๓ กิจกรรมการพัฒนานิสิต
• องค์ประกอบที่ ๔ การวิจัย
• องค์ประกอบที่ ๕ การบริการทางวิชาการแก่สังคม
• องค์ประกอบที่ ๖ การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม
• องค์ประกอบที่ ๗ การบริหารและการจัดการ
• องค์ประกอบที่ ๘ การเงินและงบประมาณ
• องค์ประกอบที่ ๙ ระบบและกลไกการประกันคุณภาพ

          ระยะที่ห้า มหาวิทยาลัยได้จัดทำระบบประกันคุณภาพการศึกษาภายใน โดยใช้เกณฑ์ประเมินของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) เป็นหลัก ผนวกกับเกณฑ์ประเมินของสำนักงานรับรอง มาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) ประเมินคุณภาพการศึกษาของส่วนงานที่จัดการศึกษาทุกส่วนงาน ทั้งส่วนกลางและส่วนภูมิภาค ระบบการประกันคุณภาพการศึกษาครั้งนี้ มี ๙ องค์ประกอบ ๔๒ ตัวบ่งชี้ แบ่งเป็นปัจจัยนำเข้า (Input) ๔ ตัวบ่งชี้ กระบวนการ (Process) ๑๘ ตัวบ่งชี้ และผลผลิต (Output) หรือผลกระทบ (Impact) ๒๐ ตัวบ่งชี้  ใช้ระบบการให้คะแนนเต็ม ๕ คะแนน มหาวิทยาลัยดำเนินการการประกันคุณภาพการศึกษาด้วยระบบนี้ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๕๓