กองวิชาการเป็นหน่วยงานหนึ่งที่มหาวิทยาลัยประกาศตั้งขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๙๐ เดิมชื่อว่า “กองวิชาธิการ” มีวัตถุประสงค์เพื่อทำหน้าที่สำรวจ ตรวจชำระ จัดพิมพ์คัมภีร์สำคัญทางพระพุทธศาสนา และเรียบเรียงหนังสือทางวิชาการ เพื่ออำนวยประโยชน์ต่อการศึกษาของมหาวิทยาลัยและคณะสงฆ์ ในช่วงแรก กองวิชาการยังมิได้แบ่งหน่วยงานย่อยออกไปและไม่มีบุคลากรประจำทำหน้าที่ในการบริหารจัดการประจำหน่วยงาน
พระมหาเถรานุเถระในช่วงแรก ได้มีกุศลเจตนาร่วมกันในการสนองงานตามวัตถุประสงค์ดังกล่าวมาโดยลำดับ โดยได้คัดลอกพระสูตรและอรรถกถาพระสูตรออกมาตรวจชำระ แล้วแยกตีพิมพ์เฉพาะ พระสูตรบ้าง เฉพาะอรรถกถาพระสูตรบ้าง รวบรวมและเรียบเรียงหนังสือทางวิชาการแล้วตีพิมพ์ออกเป็นรูปเล่มบ้าง เพื่ออำนวยประโยชน์ต่อการศึกษาของมหาวิทยาลัยและคณะสงฆ์เป็นสำคัญ
อย่างไรก็ดี กองวิชาการ สำนักงานอธิการบดี ได้ดำเนินการก่อตั้งขึ้นเมื่อ ปี พ.ศ.๒๕๓๐ โดยสภามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้มีมติอนุมัติให้มีการแบ่งส่วนงาน ในการประชุมครั้งที่ ๖/๒๕๓๐ เมื่อวันที่ ๒๗ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๕๓๐ และมีประกาศมหาวิทยาลัยที่ ๕๐/๒๕๓๐ ลงวันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ.๒๕๓๐ ให้แบ่งส่วนงานกองวิชาการเป็น ๔ ฝ่าย คือ (๑) ฝ่ายคัมภีร์พุทธศาสตร์ (๒) ฝ่ายหลักสูตรและตำรา (๓) ฝ่ายมาตรฐานการศึกษา และ(๔) ฝ่ายประสานงานวิชาการ
ในปี พ.ศ. ๒๕๔๐ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ โดยมีสถานภาพเป็นนิติบุคคลที่ไม่เป็นส่วนราชการและรัฐวิสาหกิจ และเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ ภายใต้การกำกับดูแลของกระทรวงศึกษาธิการ เน้นการจัดการศึกษาวิชาการด้านพระพุทธศาสนาเป็นหลัก ทั้งนี้ มหาวิทยาลัยได้ออกประกาศ เรื่อง การแบ่งส่วนงาน พ.ศ.๒๕๔๑ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๕ ตอนพิเศษ ๑๐๐ง วันที่ ๒๗ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๔๑ ซึ่งกองวิชาการ เป็นส่วนงานหนึ่งในสำนักงานอธิการบดี ตามประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๔๑ ลงวันที่ ๓๐ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๕๔๑ กองวิชาการได้แบ่งส่วนงานออกเป็น ๔ ฝ่าย คือ (๑) ฝ่ายมาตรฐานการศึกษา (๒) ฝ่ายหลักสูตรและการสอน (๓) ฝ่ายตำราและเอกสารทางวิชาการ และ (๔) ฝ่ายคัมภีร์พุทธศาสน์
ในปี พ.ศ.๒๕๕๖ มหาวิทยาลัยได้ออกประกาศ เรื่อง การแบ่งส่วนงาน พ.ศ.๒๕๕๖ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๓๐ ตอนพิเศษ ๑๘๙ ง วันที่ ๒๕ ธันวาคม พ.ศ.๒๕๕๖ ซึ่งกองวิชาการ เป็นส่วนงานหนึ่งในสำนักงานอธิการบดี
ต่อมา มหาวิทยาลัยได้รับการพัฒนาให้เจริญก้าวหน้ามาโดยลำดับ กองวิชาการได้สนองงานตามวัตถุประสงค์มากยิ่งขึ้น จนถึง วันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๗ มหาวิทยาลัยจึงประกาศภารกิจอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบ แต่ละกลุ่มงานไว้อย่างชัดเจน กล่าวคือ
๑) กลุ่มงานหลักสูตรและการสอน
ปฏิบัติงานประสานงานการพัฒนาหลักสูตรของมหาวิทยาลัยกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งภายในและภายนอก ประสานงานให้หลักสูตรของมหาวิทยาลัยเป็นไปตามมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ และพัฒนาประสิทธิภาพการสอนของมหาวิทยาลัย และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
๒) กลุ่มงานตำราและเอกสารทางวิชาการ
ปฏิบัติงานส่งเสริมสนับสนุนและประสานงานขอกำหนดตำแหน่งทางวิชาการ การแต่งตำราและหนังสือทางวิชาการของมหาวิทยาลัย รวมทั้งรวบรวมผลงานทางวิชาการ เพื่อจัดพิมพ์เผยแพร่ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
๓) กลุ่มงานคัมภีร์พุทธศาสน์
ปฏิบัติงานตรวจชำระ ปริวรรต แปล สำรวจ ทำบัญชี สงวนรักษาและจัดพิมพ์คัมภีร์ทางพระพุทธศาสนา รวมทั้งหนังสือเพื่อการศึกษาทางพระพุทธศาสนา ทั้งในรูปเอกสารและสื่ออิเล็กทรอนิกส์ และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
ทำเนียบรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ
๑. พระเมธีสุทธิพงศ์ (ระวัง วชิรญาโณ) (พ.ศ.๒๕๒๙-๒๕๓๕)
๒. พระราชวรมุนี,ดร. (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) (พ.ศ.๒๕๓๕-๒๕๔๐)
๓. พระสุธีวรญาณ,รศ.ดร. (ณรงค์ จิตฺตโสภโณ) (พ.ศ.๒๕๔๐-๒๕๔๙)
๔. พระราชปริยัติกวี,ศ.ดร. (สมจินต์ สมฺมปญฺโญ) (พ.ศ.๒๕๔๙-ปัจจุบัน)
ทำเนียบผู้อำนวยการกองวิชาการ
๑. พระมหาประยูร ธมฺมจิตฺโต (พ.ศ.๒๕๒๙-๒๕๓๒)
๒. พระมหาสมชัย กุสลจิตฺโต (พ.ศ.๒๕๓๒-๒๕๓๔)
๓. พระมหาสมบูรณ์ สุจิตฺโต (พ.ศ.๒๕๓๔-๒๕๓๕)
๔. พระศรีสุทธิพงศ์ (อาทร อินฺทปญฺโญ) (พ.ศ.๒๕๓๕-๒๕๓๘)
๕. พระมหาสมจินต์ สมฺมาปญฺโญ (พ.ศ.๒๕๓๘ – ๑๖ กรกฎาคม ๒๕๔๑)
๖. พระมหาเทียบ สิริญาโณ (๑๗ กรกฎาคม ๒๕๔๑ – ๓ ธันวาคม ๒๕๔๒)
๗. พระศรีสิทธิมุนี (พล อาภากโร) (๔ ธันวาคม ๒๕๔๒ – ๑๙ กรกฎาคม ๒๕๔๙)
๘. พระมหาสุทัศน์ ติสฺสรวาที (๒๐ กรกฎาคม ๒๕๔๙ – ๒๙ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๙)
๙. พระมหาธิติ อนุภทฺโท (๑ มีนาคม ๒๕๕๙ – ปัจจุบัน)